石油利益分配　
　除了边界归属问题，石油收益分割也是北南双方的谈判焦点。南方石油储量占全国70%，高达98%的财政收入来自石油；北方拥有石油管道出口和炼油设施。目前按照《全面和平协议》，石油收益实行南北“五五分账”，但南方对现有石油收益分配不满意，希望在谈判中提高分配比例，并设法打破对北方在石油开采技术和出口渠道方面的依赖，可能考虑建设一条由南部通往肯尼亚的新输油管。不过输油管道在一两年内难以建成，南方仍要在现有条件下与北方建立联系，进行石油利益的博弈。　　中国石油天然气集团公司在大尼罗河石油作业公司(GNPOC)拥有40%的股权。中石油一位高管告诉英国《金融时报》，组成GNPOC的各企业，都希望自己的现有合约能不受损害地继续履行，由两个新国家联合成立一家企业，来管理这些油田。　　中国驻南苏丹首都朱巴总领馆商务领事张军对《金融时报》表示：“石油是苏丹经济的支柱，所有人都依赖它，我们希望南北方之间的协议不会影响到生产。为此，我们必须合作。” 　
 
　内部发展隐忧　　除此，南苏丹还需要忧虑自身的发展问题。数十年内战使其沦为世界上最贫穷地区之一，石油出口收益的大部分资金被用来购买军事设备，基础设施建设投入不大。联合国统计数据显示，在800万南苏丹人口中，超过半数无法获得清洁水源，超过90%的儿童没有接种疫苗，全民识字率不足15%。　　此外，南部种族林立也威胁着当地的安全和稳定。苏丹南方人民军发言人菲利浦·埃格维尔2月11日宣布，南方自治政府军队人民军过去一周来在与叛军的冲突中已造成180多人死伤。“南苏丹共和国”似将在与叛军的战斗中诞生。　　中国社科院西亚非洲研究所非洲研究室主任贺文萍曾对《第一财经日报》表示，独立后的南部仍有20多个政党和10个州，而10个州中有五六个州是有内部冲突的，加之南部腐败问题也很深重，所以独立后南部要想办法建设更有凝聚力、治理更好的政府。