南苏丹的自然资源相当丰富，拥有全苏丹85%以上的石油产能，以及铁、铜、铬、铅锌、钨、云母和金银等矿藏，但除石油外，大多数矿藏资源尚待开发；拥有原苏丹大部分原始森林资源，赤道大区是柚木、桃花心木和各种热带硬木的著名产区；水源丰沛稳定的白尼罗河和众多支流从这里流过，水力资源丰富，水电发展潜力巨大；大部分人口仍从事农业，棉花、花生、小麦、小米、木薯和各种热带水果是主要作物，此外，这里是著名的阿拉伯树胶产地。　　南苏丹的经济支柱是石油出口收益，根据协议，整个苏丹石油收益南北方平分，据世行苏丹局代局长巴农（Ian Bannon）披露，2009年南苏丹石油收入达70亿美元，而同期喀土穆政权所宣布的2009年度苏丹石油收益显示，全苏丹石油收益为25亿美元，其中喀土穆获得14亿，分配给南苏丹11亿，另外，北方向南方支付历年积欠3.5亿。　　缺乏炼油设施的南苏丹，依赖北方喀土穆等地的炼油能力。南苏丹石油输出主要通过两条输油管，它们分别从东西两路进入苏丹共和国境内，在喀土穆汇合后，向东北通往红海之滨的苏丹港。自2009年以来，南苏丹当局一直试图推动本土炼油能力的建设，并筹划建设自朱巴通往肯尼亚拉穆的输油管，以减少对北方的依赖，但这些项目目前进展缓慢，主要制约因素在于资金、技术和人才的缺乏。　　
 
除了石油，南苏丹值得一提的只有热带硬木出口，其中柚木人工种植面积居非洲第一位，其他产业发展极度原始、落后。　　虽然日照、水源条件得天独厚，但南苏丹农业生产技术极度落后，粮食严重不能自给，10个省中，北加扎勒河、瓦拉普和琼莱省不能解决温饱的家庭比率高达40%以上，湖省、联合省、东赤道和中赤道省则为30%～40%。　　南苏丹经济十分落后，基础设施匮乏，社会福利缺失，是联合国公布的世界最不发达的国家之一。苏丹南方的婴儿死亡率在一岁前高达10%，除中赤道省“经处理的水源使用率”为不到10%外，其余各省均不到5%；公厕覆盖率竟只有20%，小学教育普及率仅2
 
%弱，成人识字率不足15%；全境铺设路面的公路里程仅38公里，还有一条不长的年久失修的窄轨铁路，白尼罗河可以通航，朱巴是重要的尼罗河航运枢纽及水陆交通要津，而瓦乌则是窄轨铁路的交通枢纽。　　南苏丹的卫生条件被认为即使在撒哈拉以南非洲也是最恶劣的之一，2004年全境只有3所合格的外科医院，而在大多数省份，平均每50万人口仅有1名医生，产妇死亡率为十万分之2053.9，全球最高。不过该国艾滋病防治工作开展较成功，艾滋病毒携带率约3.1%，在黑非洲贫困国家中属于较低水平。　　南苏丹超过90%的人口平均每天生活费不到1美元，几近全国赤贫，与之相比，全球目前最贫困的国家尼日尔，平均日生活费不足1美元的人口比率为40.6%，因此一些人悲观地认为，独立后的南苏丹，将成为全世界新的最贫穷国家。　　由于长期内战，苏南方公路等基础设施缺失、医疗水电等公共服务缺乏，商品基本依赖进口、价格高昂，是非洲最不发达的地区之一。自2005年内战结束以来，国际社会向苏南方实施了大规模的援助行动，重点在于人道主义、能力建设、基础设施、公共服务等；根据和平协议，苏南方每年分得南方油区所产石油收入的50%。苏南方石油储量丰富，并在农、林、渔、畜牧等产业方面具有较大潜力。